No entanto, devido a vicissitudes várias que a marcaram desde o seu nascimento, a Associação de Natação da Madeira não chegou nessa altura a entrar efectivamente em funções, nem tão pouco a eleger órgãos sociais, ficando-se pela sua figura jurídica durante mais de uma década. Neste período (1992-2003), a modalidade continuou a funcionar sob a égide da Associação de Desportos da Madeira, entidade que a supervisionou desde 1958, sucedendo à extinta Liga Madeirense dos Desportos Náuticos, que havia sido fundada em 1922.
Timeline
11 Novembro de 1999
Reunião de Clubes
11 Novembro de 1999
24 Fevereiro de 2003
Eleição dos Corpos Sociais
1 Outubro de 2003
InÍcio de Funções
1 Outubro de 2003
Época 2004-2008
José Augusto Araújo
A Direção presidida por José Augusto Araújo manteve-se em funções até ao final da época de 2007/2008.
Época 2008 - 2012
André Barreto
Em setembro de 2008 (no início da época 2008/2009) e até novembro de 2012 foi presidida por André Barreto, que finalizou o seu mandato de quatro anos.
Época 2008 - 2012
Épocas 2012 - 2024
Avelino da Silva
Em 2012 o comando da natação madeirense foi presidido por Avelino da Silva, presidente que se manteve por três mandatos (2012-2024).
2024 - 2028
Actualmente...
O Presidente da Direção da Associação de Natação da Madeira é o Senhor Engenheiro Pedro Miguel da Costa Baptista Sousa, estando na Presidência da Assembleia Geral o Senhor Ricardo Lívio Borges Sousa e Freitas
2024 - 2028